遙控失效、鑰匙晶片碼跑掉一問

[carrey]

小弟最近修車遇到一些狀況，又不敢只相信汽車鑰匙老闆一詞，所以想請教一下大家是否曾遇過這種狀況：
小弟的車是E85 Z4，起初為了敞篷打不開，在維修廠插電腦檢修很久，找出問題後(馬達碳刷老化)，回到家，發現兩支鑰匙同時失去遙控功能，但都還能啟動車子。
後來我自行拆了一支鑰匙，換電池，還是無法遙控，但至少都能發動車子。
只好又去找維修廠，結果老闆接電腦幫我查遙控的問題、重新設定鑰匙，搞了很久，結果換過電池的鑰匙突然連發動都不行了，但另一支鑰匙還可發動。
維修廠老闆只好叫我先找專門修鑰匙的店家試試看，我找了兩家，第2家很專業的幫我查電腦、甚至把正副駕駛座底下的兩個跟鑰匙晶片有關的小電腦拆下來，重新檢查配對編碼，結果那一隻換過電池的鑰匙就可以啟動了，但遙控功能仍舊無法恢復，鑰匙老闆說遙控功能應該跟行車電腦有關，可以去給專門修行車電腦的店重新設定電腦。
最後專修汽車鑰匙的老闆是委婉的告訴我，他判斷我應該是維修廠在插電腦的過程中，不慎導致我搖控功能失效，當第二次又試著要幫我重新配對鑰匙時，弄亂車內電腦的晶片編碼，導致連鑰匙都無法啟動。
因為我不知道是否真有這種可能，加上維修廠是我很信任也很有口碑的店家，我實在不知要不要開口跟維修廠老闆說鑰匙老板說的這種原因。
大家有遇過這種狀況嗎?